La cripta de Leyre no es una cripta al uso. No llega a ser subterránea ni hay evidencias de que se haya destinado nunca a ser un lugar de enterramiento.
Destaca por sus dimensiones y altura, así como por sus grandes capiteles, que se alzan sobre pequeñas columnas.
Fue construida para nivelar el terreno donde se alzaría la iglesia y servir como cimiento a la misma. Es de forma cuadrada siguiendo la forma de la cabecera del templo, por lo que dispone de tres ábsides circulares y cuatro naves iguales cubiertas por bóvedas de cañón.
Una de ellas es más reciente que el resto, al estar en ese lugar la escalera que comunicaba la iglesia con la cripta.
Se construyó en piedra caliza con cuarzo y hierro, lo que le ha dado una resistencia que le ha permitido su buen estado de conservación.
La cripta fue concebida con tres naves. Sin embargo, la nave central se dividió finalmente en dos por la arcada axial central, resultando en las cuatro naves que ahora se pueden admirar. Esta modificación influyó en el diseño del ábside central.
Los grandes capiteles son los que mantienen el peso de la cabecera del templo. Son todos diferentes entre sí, tanto en tamaño como en motivo de decoración. Algunos llevan enormes cimacios y van formando un bosque de pilares de triple codillo y de perpiaños peraltadísimos que refuerzan naves abovedadas.
La decoración es muy sencilla, basándose en temas animales y geométricos. La cripta, junto a la iglesia, fue consagrada en 1057.
La puerta de entrada a la cripta, la más antigua de todo el conjunto monástico, es de un románico naciente, muy sobrio y rudo. Está formada por tres arcos de medio punto superpuestos y escalonados que apoyan directamente sobre las impostas, cuya única decoración es el bisel que le han dado a las arquivoltas.
Junto a la cripta está el túnel de San Virila que comunica con la cripta por medio de tres ventanas pequeñas y estrechas, que se abren en la pared oeste de la misma. Este túnel servía como salida del monasterio a los campos de los alrededores.
En la actualidad está cegado y en su fondo hay una imagen, del siglo XVII, de San Virila, abad del monasterio durante el siglo X. Este personaje es el protagonista local de una leyenda, extendida por el camino de Santiago, en la cual Dios le hace comprender el misterio de la eternidad.
